Captain (nhân vật của người chơi, là Gran hoặc Djeeta theo mặc định) và Vyrn, người bạn đồng hành có cánh, đang nghĩ ngơi thư giãn ở thị trấn Zinkenstill, thì họ phát hiện một chiếc tàu bay Erste Empire hiện diện trên bầu trời. Captain vô tình bị lôi vào việc phải giải cứu một cô gái tên là Lyria và một Sĩ quan Hoàng gia tên là Katalina, cả hai đang cố gắng trốn thoát khỏi Empire. Tuy nhiên, trong cuộc chiến, Captain bị dính một vết thương chí mạng, buộc Lyria phải hợp nhất linh hồn của cô với anh ấy để cứu anh. Lyria sau đó sử dụng sức mạnh để triệu hồi một con quái vật khổng lồ tên là Proto-Bahamut, đánh đuổi lực lượng Empire. Với việc số phận của Captain và Katalina giờ đây đã bị gắn liền với Lyria, cả ba người họ quyết định đến hòn đảo Estalucia vì 2 lý do: trốn thoát khỏi Empire và tìm manh mối về người cha lạnh lùng của Captain.

Thật không may, kỹ năng lái máy bay kém cõi của Katalina khiến họ phải hạ cánh ở một nơi xa lạ trong Quần đảo Port Breeze. Bộ ba cố tìm một chiếc phi thuyền đang hoạt động và một phi công khác để điều khiển nó. Cuối cùng họ gặp Rackam, một phi công có tính tình kỳ quặc, làm việc trên một chiếc tàu bay đã bị hỏng trong nhiều năm. Tuy nhiên, Empire rốt cuộc cũng theo chân họ đến hòn đảo và tìm cách chiếm lại Lyria. Cả ba cuối cùng đã thuyết phục được Rackam giúp họ chống lại những người lính Empire gia đang truy đuổi họ, và đổi lại, giúp anh hoàn thành việc sửa chữa chiếc tàu bay, The Grandcypher, khiến nó trở lại huy hoàng.

Khi Captain du hành khắp bầu trời, thu thập thêm các đồng minh trong hành trình và chiến đấu với Primal Beasts, phi hành đoàn dần dần bị lôi kéo vào một âm mưu liên quan đến Hiệp sĩ đen bí ẩn, búp bê Orchis và lịch sử mà Empire tìm cách che giấu trong khi săn đuổi Lyria.